Sejak tahun 2012, IAIN Syekh Nurjati telah merancang upaya untuk perubahan pola pengelolaan dari Satker PNBP menjadi PK-BLU. Akan tetapi, beberapa persyaratan administratif tidak dapat diselesaikan.
Perkembangan selanjutnya, melalui Renstra yang disusun tahun 2015-2019 belum menargetkan perubahan pengelolaan keuangan dikarenakan target utamanya adalah penguatan internal kelembagaan.
Melalui Renstra tahun 2020-2024, dengan highline transformasi kelembagaan dan penjaminan mutu. Perubahan Satker ke PK-BLU dan Institut ke Universitas menjadi program strategis IAIN Syekh Nurjati Cirebon. Tahun 2021 dibentuklah tim dalam rangka penyusunan persyaratan dan kelengkapan administratif perubahan pengelolaan satker ke PK-BLU. Berdasarkan SK Kementrian Keuangan Nomor :252/KMK.05/2022 tanggal 20 Juni 2022 tentang Penetapan Institut Agama Islam Negeri Syekh Nurjati Cirebon dan Institut Agama Islam Negeri Salatiga sebagai Instansi Pemerintah yang Menerapkan Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum.
Kelanjutannya, KMA nomor:771 Tahun 2022 tentang Standar Pelayanan Minimum IAIN Syekh Nurjati Cirebon menjadi target minimal pelayanan pasca penetapan BLU.